翅茎草属（Pterygiella）是中国西南地区特有的半寄生植物。翅茎草属4种植物形态差异不显著，种的界定依据较模糊；此外，杜氏翅茎草2变种的划分依据也存在疑问。本研究选取了翅茎草属4种13个居群,通过数量性状的主成分分析和质量性状的非加权组平均法聚类分析；结合叶绿体4个片段（即atpBrbcL、trnDtrnT、trnStrnG和psbAtrnH）和核基因组的ITS片段研究，对该属下的种类划分作了重新界定。研究表明：翅茎草属应包括3种，即翅茎草、杜氏翅茎草和圆茎翅茎草；川滇翅茎木应作为圆茎翅茎草的变种。对杜氏翅茎草指定了后选模式，该种仅包括茎无毛的个体，而茎疏被毛的个体应归入翅茎草中。基于以上研究结果，本文提出了一个新的翅茎草属分种检索表，并做了分类修订。

叶片性状能够反映植物对环境的适应。认识喀斯特地区兰科植物的叶片性状及其适应意义对其科学合理的保育具有重要参考价值。本文于干季与雨季研究了广西雅长兰科植物自然保护区内落叶、常绿地生、常绿石附生三种类型共19种野生兰科植物的叶片性状及其相互关系，并比较了不同类型兰科植物之间的差异。其中18种兰科植物为C3植物，仅棒叶鸢尾兰（Oberonia myosurus）为CAM植物。相比于落叶兰，常绿兰具有较高的比叶重（LMA）和叶片碳氮比（C/N），但其叶片氮、磷含量较低。在常绿兰科植物中，石附生兰的叶片Ca含量与δ13C高于地生兰。石附生兰的叶片磷含量在雨季要高于干季，而地生兰的叶片δ13C在干季要高于雨季。该地区常绿兰科植物的N/P值>16，表明其可能受到磷的限制。

绵参 (Eriophyton wallichii) 是中国青藏高原地区高山流石滩特有植物。为探讨第四纪冰期气候波动对青藏高原高山流石滩植物居群遗传结构以及谱系历史的影响，检测了绵参20个居群187个个体的核糖体内转录间隔区 (ITS) 的序列变异，共发现19个单倍型，且结果表明大部分居群拥有独自的单倍型。AMOVA分析表明，居群间的变异占了总变异量的89.54%，居群遗传分化指数很高 (GST=0.863，NST=0.957)，但无明显的谱系结构。我们推测这种独特的谱系地理结构可能主要是由于高山流石滩独特的地形和环境及“孤岛效应”形成的，与先前研究过的青藏高原植物不同，绵参呈现出高度分化的遗传结构，常常呈现出“一个居群，一种单倍型”的模式，这可能是由于第四纪冰期及间冰期尽管绵参的分布范围有扩大和收缩，但始终由于特殊的高山生境和流石滩基质，导致了该物种长期以来居群间很少有基因交流并一直处于隔离状态，造成了现在这样的谱系地理结构。

大型固定样地是研究生物多样性、群落系统演化和生态系统功能的重要平台。本文选取西双版纳、鼎湖山、古田山和长白山四个具有代表性的中国森林大样地，按照吴征镒等的方法，分析了不同大样地种子植物科、属和种三个层次的分布区类型。发现热带西双版纳大样地具热带北缘的地理性质；南亚热带鼎湖山大样地呈现出由热带向亚热带过度的特点；中亚热带古田山大样地各分布区类型所占的比率均与全国水平接近，显示出典型的亚热带特征；温带长白山大样地具温带性质。表明中国森林随着纬度的变迁，种子植物区系成分也随之发生显著的变化，这证实了前人有关中国种子植物区系的研究结果，同时也说明通过大样地平台进行植物区系跨区域和比较性研究，方法可行，结果可信。

块菌是指Tuber属的真菌种类，属于子囊菌门（Ascomycota），生在地下，其中包含着世界上最美味和价值最昂贵的食用菌。中国食与药用真菌文化悠久，历代本草都不乏各种菌类的记载，但在本草中记载的与块菌有关系的菌类唯有1245年陈仁玉编撰的“菌谱”中称之为“麦蕈”和俗名为“麦丹蕈”的一种地下真菌。日本本草对“麦蕈”也屡有记载，并把“麦蕈”叫“地肾”和“松露”。这是“松露”一名的最早记载，“麦蕈”或“松露”可能是被现代菌物学称之为须腹菌（Rhizopogon spp.）的真菌种类。因而，“松露”一名虽是汉字, 但是所指并非真正的块菌，应是须腹菌（Rhizopogon spp.），也称“假块菌”（ false truffle）,所以松露和块菌寓意各异。产于我国西南地区的食用黑块菌主要是印度块菌（Tuber indicum）或中华块菌（T.sinense）、夏块菌（T.aestivum=T.uncinatum）和拟喜马拉雅块菌（T.pseudohimalayense=T.pseudoexcavatum），近年来身价倍增，成为中国野生食用菌出口种类中名列前三甲的菌类，在世界块菌市场上也颇受欢迎。喜马拉雅块菌（T.himalayense）在我国尚未发现它的踪迹。印度块菌和中华块菌形态上有差异，若把中国产的类似黑孢块菌的黑块菌统称为印度块菌（T.indicum）尚值得商榷。中华块菌或印度块菌形态和遗传变异多样，尚需进一步研究。2010年在云南和四川相继发现的大型香味浓郁的白块菌，近似于波氏块菌（T.borchii）组的块菌，颇具研究和巨大的商业价值，表明我国块菌资源比原有记载的要丰富的多。由于利益之驱动和疏于管理，掠夺式的采收方法造成了块菌产区生态环境毁灭性的破坏，一些商业化采集区的块菌已濒临灭绝，中国西南地区的块菌资源的保护问题迫在眉睫。本文对产自欧洲、美洲的块菌、沙漠块菌，以及块菌的生态意义和种植作了简要介绍和讨论。

报道了中国兰科一新记录属——袋距兰属(Lesliea)。袋距兰原记载分布于泰国，现发现中国云南西双版纳也有分布，与近缘属的主要区别为距袋状、蕊喙长而二裂、粘盘柄倒圆锥状等。

以哥伦比亚(Columbia)野生型拟南芥(Arabidopsis thaliana)为实验材料，用含有激活标记双元质粒pCB260的农杆菌浸花进行转化，构建拟南芥TDNA插入突变体库。通过突变体的筛选和表型分析，获得了两株光形态突变体，子叶下胚轴伸长的光抑制效应减弱。通过TAILPCR (thermal asymmetric interlacedPCR)技术，成功扩增出突变植株TDNA插入位点侧翼序列，经NCBI序列比对，TDNA分别插在CRY1第一和第三外显子部位。突变体的表型分析及PCR鉴定结果表明，TDNA插入CRY1并影响到突变植株的光形态建成。

WRKY基因家族是主要存在于植物中的一大类转录调控因子，拥有很多家族成员。拟南芥WRKY25属于第I类WRKY蛋白，参与植物生物和非生物胁迫反应。通过GUS染色和qRTPCR发现WRKY25基因主要在根，叶和茎生叶中表达。过量表达WRKY25的转基因植株在长光照下比野生型拟南芥提前开花。通过RTPCR检测与开花时间相关基因发现，AP1基因的表达量在培养21d和27d的WRKY25过量表达植株中上调，由此推测WRKY25很可能通过增强AP1的表达来影响开花。

腺毛是参与植物防御性反应与次生代谢挥发物合成的特异化器官，了解腺毛专一性表达序列标签将有助于我们进一步认识植物腺毛的特异性功能。本文应用磁珠介导的抑制消减杂交方法（SSH），以番茄茎腺毛为检测子（tester），去除腺毛的番茄茎为驱动子（driver），构建番茄茎腺毛差异表达cDNA文库，分离腺毛差异表达基因。随机挑选了108个差异ESTs进行测序，测序结果使用Blast2go程序进行blastx比对、功能注释和KEGG代谢路径分析。结果表明，绝大部分ESTs功能与胁迫响应、物质代谢、生物及非生物刺激反应相关，具有结合、催化功能。这些分离的差异ESTs为进一步研究番茄腺毛的植物防御性机制奠定了基础。

根据香型与非香型水稻甜菜碱醛脱氢酶2基因 (badh2) 在第2、第4内含子、第7外显子3处序列差异和第2外显子1处序列差异，分别设计了两类检测badh2第7和第2外显子突变的功能性分子标记引物M7和M2；利用两类引物，分别对属于第7外显子突变的香型水稻W香99075和第2外显子突变的香型水稻武香14、非香型水稻以及两种香稻分别与非香稻杂交的F1植株基因组DNA进行PCR检测后发现， M7和M2引物完全能够分别被用于以第7和第2外显子突变的香稻作为亲本，进行分子标记辅助培育香稻新品种的研究。M7引物综合考虑了badh2内含子和外显子两方面突变情况而设计的。以非香稻261S、分别发生第7和第2外显子突变的香稻品种W香99075和武香14为对照，使用M7和M2引物，对本实验室收集的另外22份香稻品种进行badh2突变位点检测，结果可将这些香稻分为badh2第2外显子突变类型、第7外显子突变类型和外显子未发生突变类型，同时明确了大多目前在上海等周边地区种植的香稻品种的badh2所属的突变位点。开展本研究为利用分子标记辅助选育香型水稻新品种研究奠定了重要的基础。

蒟蒻薯属（Tacca）植物种间在形态上差别不大，导致分类上存在一定的困难。DNA条形码是一种利用短的DNA标准片段来鉴别和发现物种的方法。本研究利用核基因ITS片段和叶绿体基因trnHpsbA, rbcL, matK片段对蒟蒻薯属6个种的DNA条形码进行研究,对4个DNA片段可用性，种内种间变异，barcode gap进行了分析，采用Treebased和BBA两种方法比较不同序列的鉴定能力。结果显示：单片段ITS正确鉴定率最高，片段组合rbcL+matK正确鉴定率最高。支持CBOL植物工作组推荐的条码组合rbcL+matK可作为蒟蒻薯属物种鉴定的标准条码，建议ITS片段作为候选条码。丝须蒟蒻薯Tacca integrifolia采自西藏的居群与马来西亚居群形成了2个不同的遗传分支，且两者在形态上也存在一定的差异，很可能是一个新种。

自然杂交在植物中广泛存在，对植物进化起着重要的作用。研究自然杂交现象，除了传粉、形态等传统手段，还需要分子水平的证据。本研究利用HATRAPD技术，对姜科象牙参属植物的自然杂交现象进行分析，运用主坐标分析和杂交指数分析对疑似杂交个体进行鉴定，探讨HAT-RAPD技术在分析和鉴定杂交个体方面的可行性。结果显示，HAT-RAPD方法比传统RAPD扩增的条带更稳定、清楚、容易统计，同时主坐标分析和杂交指数分析的结果表明，形态介于大花象牙参(Roscoea humeana)和早花象牙参(R.cautleoides)的个体是两者的杂交后代，且与大花象牙参的亲缘关系更近。以上的结果表明HATRAPD技术可以用于自然杂交的分析，并且由于其简单、易操作等特点，将成为一种非常适合分析和鉴定杂交个体的分子手段。